Trong cuộc chiến tranh Boshin năm 1868–1869 Henry được biết là đã cố vấn cho daimyō của phiên Nagaoka, ở Niigata, là vị lãnh chúa mà ông đã bán hai khẩu súng Gatling (chỉ có một khẩu khác tồn tại ở Nhật Bản vào lúc đó), 2.000 súng trường Pháp và nhiều vũ khí khác. Quân triều đình chiếm giữ nhà kho của Edward ở Niigata vào năm 1869, và trong một thỏa hiệp do đại sứ Hà Lan làm môi giới thì ông được nhận số tiền bồi thường 40.000 USD vào năm 1873. Rõ ràng ông đã mất hầu hết số tiền đầu tư của mình tại Đức trong cuộc khủng hoảng kinh tế cuối những năm 1870.[1]